Los permisos son la forma cómo SINAI da a los usuarios directivos, especialmente al rector o director de la institución, el control sobre qué acciones puede o no puede realizar determinado usuario. Existen acciones que los usuarios no deberían realizar, por ejemplo: Una secretaria no debería modificar las calificaciones registradas por los docentes. Por ese motivo, es necesario que el rector o director de la institución conceda una autorización especial al usuario para realizar este tipo de acciones.
En general todo usuario administrativo puede navegar por la plataforma y consultar información, solo están sujetas a permisos acciones de registro, modificación o eliminación. De hecho algunas acciones de modificación y eliminación no solo están sujetas a permisos sino que son auditadas por SINAI para posteriores verificaciones y resolución de conflictos de responsabilidad.